排污許可證制度難在污染物排放量的核定，尤其要將環境質量標準與區域排放量有機結合起來，使區域環境能夠承受許可的污染物總量，進行生態環境保護。核定每個企事業單位的污染物排放量是技術性很強的工作，既要發揮排放標準、環評的作用，也要結合當地改善環境質量的需求。
國務院辦公廳11月21日印發的《控制污染物排放許可實施方案》，對開展企事業單位排污許可證管理進行了全局性和系統化的安排。改革后的排污許可證是每個排放污染物的企事業單位必須持有的“身份證”，政府管理部門要依據這個“身份證”監視企事業單位在環保方面守法生產，企事業單位也要按照排污許可證規定的事項控制好排放污染物的種類﹑濃度和排放量，社會則對照排污許可證開展監督工作。
由此可見，排污許可證是圍繞排放污染物的企事業單位開展環境管理的最核心制度，是排污單位守法、管理部門執法、社會監督護法的基本依據。
排污許可證在本質上約定了每個企事業單位的污染物排放上限及排放方式。實行一企一證后，企事業單位的排污行為必須符合排污許可證的要求，而大家都這樣做后，區域性的環境質量良好就能得到保障。從理論上講，排污許可證是基于環境容量的排污權分配，如果不嚴格執行排污許可證制度，在那些固定源污染占污染絕對多數且污染物排放量已接近承載力上限的地方，任何一個企事業單位都有可能成為突破環境質量承載上限的最后一根稻草，帶來惡劣的社會和環境影響。而對于污染物排放量已經超過承載力上限﹑環境質量不達標的地區，應當通過排污許可證管理明確每個相關的企事業單位污染物排放削減的任務，給企業明確預期，倒逼轉型升級或引導其退出。
建立排污許可證制度是開展源頭嚴防的控制性工程，要堅定統籌規劃、全面推進的信心。然而，對其中的關鍵環節，要有清醒、客觀的認識和分析，只有形成完整的工作流程，并且科學確定核心許可指標，才能保證這項制度有序運行，發揮良好的約束作用。
首先，要對排污許可證的內容進行系統設計。
作為反映企事業單位排污概況的“身份證”，要通過其了解該單位的總體面貌，因而“身份證”信息不能太簡單，但也不要一開始就特別復雜，要先易后難、逐步完善，既要防止“一證式”變為“一張紙”，也要避免“一證式”變為“一筐式”。對于應納入排污許可證的信息，要逐條篩選、優化，并按邏輯關系適當排序，從而實現只要查詢排污許可證，必要信息就可一覽無遺的效果。此外，可采取主頁與附件相結合的方式。與其它行政許可相比，排污許可證可能包括了更多的基礎信息，核心信息可在主頁上體現，其它內容則在附件中載明。
其次，準確核定污染物排放水平，許可其排放地點和方式等。
排污許可證制度難在污染物排放量的核定，尤其要將環境質量標準與區域排放量有機結合起來，使區域環境能夠承受許可的污染物總量。核定每個企事業單位的污染物排放量是技術性很強的工作，既要發揮排放標準、環評的作用，也要結合當地改善環境質量的需求，提高排污許可工作的科學性、權威性和實效性，并且能為各方面接受，具有較強的可操作性。
第三，強化排污許可的法律約束。
排污許可證是企事業單位的守法文書，是其在組織生產過程中不可逾越的紅線。每個企事業單位獲得的排污許可量，都是通過精細測算后確定的，如果不能持之以恒嚴格執行，杜絕間歇式排污行為，保證企事業單位始終“我要守法”，必然降低許可證制度的實施效果。因此，要動員各種有生力量，督促、引導企事業單位尊重排污許可證制度，自覺控制污染物排放量，實現生產發展、環境良好的目標。要建立負面清單，嚴懲違反排污許可證制度的行為，使失信者處處受限，從而形成全社會都推崇排污許可證制度的氛圍，真正實現對排污企事業單位的一體化管理。
第四，加強配套制度的設計。
排污許可證制度是非常成熟而且被國外實踐證明是行之有效的基本環境管理制度，但其落地是一項系統工程。因此，要認真開展全流程分析，及時發現并補齊短板，為這項制度的順利實施提供各種政策、資金、技術等方面的保障。
